Михаил

Я все сущности для проталкивания на этапе preUpdate сохраняю в массив в свойство класса, а на postFlush вытаскиваю и проталкиваю.

class PurchaseListener {

    protected $notifications = array();

    public function preUpdate(LifecycleEventArgs $args) {
        $entity = $args->getEntity();
        $em = $args->getEntityManager();
        if ($entity instanceof Purchase) {
            ...
                    $notification = new Notification();
                    $notification->setUser($entity->getUser())
                        ->setText('блабла')
                        ->setType('success');
                    $this->notifications[] = $notification;
                ...
        }
    }

    public function postFlush(PostFlushEventArgs $event)
    {
        if(count($this->notifications)>0) {
            $em = $event->getEntityManager();
            foreach ($this->notifications as $thing) {
                $em->persist($thing);
            }
            $this->notifications = array();
            $em->flush();
        }
    }
}

Однозначно SwiftMailer

тот самый момент когда одного фейспалма не достаточно...

Так, сразу уточню, что работаю с Symfony 2, а не конкретно с Silex, но компоненты у них общие.
Для начала прочтите документацию по Security Component.
Теперь попробуем разобраться по строчкам:
'pattern' => '^/admin' - Это просто "регулярное выражение" по которому срабатывает тот или иной файерволл. Мы можем указать и просто '^/', тогда сработает сразу для всех разделов.
'form' => array('login_path' => '/login', 'check_path' => '/admin/login_check') - Это пути где будет лежать форма логина и путь по которому она будет проверяться.
'http' => true - Это тип аутентификации. В данном случаи базовая http аутентификации предусмотренная браузером. wsse - Это другой тип аутентификации, прочитать можно опять же в документации.
'users' => array(...) - Провайдер пользователей. В самом простом случае, да это массив. Если вы собираетесь хранить пользователей в базе используйте например этот.

Потому что Вы с пользователем сверяете позже в пхп, а не в самом запросе. Должно быть что-то вроде этого:

$count = $this->entityManager->getRepository('AcmeBlogBundle:Article')->createQueryBuilder('a')
             ->select('COUNT(a)')
            ->join('a.like_users', 'u')
            ->where('a.id = :article_id')
            ->setParameter("article_id", $article_id)
            ->andWhere('u.id = :user_id')
            ->setParameter("user_id", $this->getUser()->getId())
           ->getQuery()
            ->getSingleScalarResult();