Ты наверное пометил его как текст вот как изменить обратно
https://blog.jetbrains.com/phpstorm/2011/04/exclud...
____
Скорее всего ти вместо index.php создал index.рhp (выглядит одинаково, но во 2 варианте вместо английского p русская р) и поэтому среда разработки не видит его как php, когда я у себя так создал в результате контекстное меню было точно как у тебя