Насколько я знаю, APR тут ни при чём. Логи все смотрели? Там несколько разных. Плюс, я сталкивался с тем, что tomcat не сбрасывает в лог иногда ошибку до закрытия (или заполнения буфера) — попробуйте сделайть tomcat stop, а потом уже смотрите в лог.
Ну и уровень логирования можно поподробнее поставить.
А вообще похоже на то, что вы неправильно сервлет выгрузили. Положите прямо в ROOT руками, например. Как добавляли? Через web-админку?
