Анаглифные очки — это средство для просмотра с 1 монитора, цветовое кодирование стереопары в одно изображение.
вариант с 2 мониторами имеет право на жизнь, но только если они очень маленькие-несколько дюймов, 4-6, тогда возможно сделать такую систему зеркал и перегородку, что в каждый глаз будет попадать нужная картинка, посмотрите устройство стереоскопа Уитстоуна, если не ошибаюсь.