malroc

Одна вьюха не может обрабатывать два разных элемента.
Если вам нужен только html (что вряд ли), то можете использовать $el.html() вместо $el в вашем коде.
Если нужна полноценная вьюха с обработчиками и т.д., то нужно просто создать две отдельных вьюхи, отдельно их отрендерить и отдельно добавить в DOM.

Поисковой выдаче мешают. Смысл в удобстве для пользователя.
Обычно либо SPA делаются там где в принципе поисковая индексация не предполагается, либо действительно рендеринг дублируется на стороне сервера.

Не очень понятно какое отношение модальные окна имеют к Backbone.
За модальные окна скорее всего будет отвечать какой-то CSS фреймворк (Bootstrap или что там у вас на проекте используется), у Backbone другая зона ответственности, для него это будет обычный HTML.
Дальше, если удаление с комментарием, то это не вписывается в REST-архитектуру, соответственно вам придётся переопределять стандартные методы Backbone (конкретно destroy у модели) и прописывать туда ваш AJAX-запрос.
Ну а дальше просто вызывать этот переопределённый destroy с вашими параметрами (текст комментария).