Gulp-cli ставишь глобально npm install gulp-cli -g
Gulp нужно ставить в саму корневую папку проекта (сначала npm init, затем npm install gulp -D
Чтобы все ненужные папки и файлы не пушились в репозиторий, создаёшь файл в корне сайта .gitignore, гуда прописываешь все файлы и папки, которые нужно игнорировать