$ ssh localhost
$ screen
запускается процесс screen, в нём bash или что-нибудь ещё.
Запускаете вашу команду:
$(screen) php script.php
нажимаете Ctrl+A, Ctrl+D. Попадаете обратно в первый шелл.
отключаемся
$ exit
пьём кофе.
подключаемся вновь:
$ ssh localhost
$ screen -r
Видим результат работы нашей команды и приглашение ввести новую.
$(screen)