Вы смешиваете всё в одну кучу.
API Вам создавать ни к чему, у Вас только внутренняя инфраструктура будет. API создаётся для обращения к вашему приложению извне, будь то плагины или же REST обращения. К примеру, если Вы захотите создать приложения для мобильной платформы, которые бы взаимодействовали с Вашим сервисом, то вот тут API и будет посредником (приложения на телефоне будут обращаться к API Вашего сервиса)
MVC паттерн является наиболее простым паттерном, легко воспринимаемым новичками (относительно других). Можно, конечно, вообще написать всё в процедурном стиле, зависит только от Вас.