Витая пара просто между двумя роутерами? Для чего шифрование? Есть вероятность, что кто-то может физически получить доступ к кабелю?
EoIP - если у вас трафик маршрутизируемый, то нафиг не нужен. В нем много накладных расходов на бродкасты и подобное.
GRE или IPIP - самый быстрый вариант туннеля. Далее скорость будет зависеть от настройки IPSEC. Опять же, смотря какие задачи. 50-70 мегабит на cat5e вы выжмете на почти любых микротах. Если нужны гигабитные скорости - то там уже могут быть просадки по железу.
IMHO