но как будет.. Правильнее? Выразительнее? Назови я её Classes, было бы.. Хм. Странно (для нэймспейса) App\Classes\DatabaseManager
Правильнее все же разделить на Model/Controller/View, ибо это самый логичный с точки зрения жизненного цикла пхп способ (да и не только пхп). Все что работает с сущностями - модели, отображения в хтмл/хмл/жсон - вьюшки, конторллеры... ну - контроллеры собсно. Если у вас есть вещи базового характера - ДБ b прочие - как раз lib (так как они являются по сути "сторонними" приложениями /библиотеками, которые в процессе разработки практически не меняются).
├── config # Для всех конфигов
├── public # Для публичного контента
│ └── index.php # Точка входа
├── src # "App\" для автолоуда, непосредственно приложение
│ ├─ Controllers
│ │ ├─SomeController.php
...
│ ├─ Models
│ │ ├─User.php
...
│ ├─ Views
│ │ ├─index
│ │ │ ├─index.php
...
│ ├─ Lib
│ │ ├─DatabaseManager.php
...
