Я не совсем поняла, что вы пытаетесь сделать. Если вы хотите создать прозрачный слой, чтобы не было белой заливки, то;
1. создаете файл
2. добавляете новый слой
3. на слое Фон с "замочком" - щелкаете 2 раза, и слой разблокируется, затем вы его удаляете.
4. у вас в файле остается только прозрачный слой.
