Надо смотреть нагрузку и её тип - создаваемую со стороны MySQL.
После чего уже смотреть на состояние БД и текущие параметры MySQL.
Тут надо как минимум обращаться к
mysqltuner.pl и анализировать его вывод + есть ещё пару утилит для анализа работы MySQL(у меня они только в виде BASH-скрипта).
Так же можно руками смотреть за показателями работы MySQL и крутить нужные ручки - обычно это самый эффективный метод(но знать для него надо много).
После анализа уже можно менять конфигурацию MySQL и через пару нагрузочных дней смотреть новую статистику и так до получения необходимого результата.
