Не стоит работать дедовскими способами — редактировать и по сохранению сразу заливать через SSH или, упаси господи, FTP — как минимум это не удобно и чревато тормозами редактора.
Поднимаешь сервер git, ставишь
capistrano и пишешь к нему конфиг, гайдов туева хуча. Вот
первый попавшийся на английском, вот на
RailsCasts (pro), на хабре ищи сам, тут тоже должны быть.
Если западло настраивать свой git-сервер, то делай приватные репозитории, например, на
BitBucket`е (есть бесплатные) или
Github`е (приватные начиная с $7). По ходу работы там все доступно объяснят, начиная с основ.
Капистрано, если правильно его настроить, при деплое будет делать за тебя почти всю рутину, например: бэкапить, тянуть рабочую версию, ставить гемы из бандла, мигрировать базу, компилировать ассеты и перезапускать web-сервер. Тебе останется только сперва закоммитить изменения, запушить в удаленный репозиторий (почти уверен, что RubyMine все это может) и запустить cap deploy.