Такое бывает если ниже по дереву есть еще один репозиторий git.
Пример в корне
git status
изменено: vendor/friendsofsymfony/user-bundle (изменено содержимое)
cd vendor/friendsofsymfony/user-bundle
git status
изменено: .gitattributes
изменено: .github/ISSUE_TEMPLATE.md
изменено: .gitignore
изменено: .php_cs
изменено: .travis.yml
изменено: Changelog.md
изменено: Command/ActivateUserCommand.php
изменено: Command/ChangePasswordCommand.php
изменено: Command/CreateUserCommand.php
rm .git
cd ../../../
git add -A - ОК.
