Вообще-то грубо говоря есть порты контейнеров (у каждого из них их 65535) и порты вашей хост машины (где крутятся контейнеры), их тоже 65535. И если 1 порт какого-то контейнера слинкован с портом хост машины, этот порт хост машины уже не может быть занят. К примеру если у вас два контейнера mysql и внутри они открывают 3306-ые порты, то только один из них может слинковаться на 3306 порт хост машины, второй скажет "я устал, я ухожу".