Вынесите все стили, которые нужно подменять, в ResourceDictionary.
Далее вы можете иметь один проект, в котором будет весь ваш код. Когда нужно сделать очередное приложение, замените проектные файлы (.csproj, манифест, StoreAssociation, StoreKey) и файл ResourceDictionary. Таким образом для нового приложение вам понадобиться сделать только проектные файлы и словарь с новыми стилями.
Если таких приложений у вас много, можно сделать простую билд-систему, которая будет на основе конфига сама генерировать проектные файлы и собирать приложения с помощью компилятора (без VisualStudio)
