lum1ere

lum1ere, на уровне строки у него нет двойки, естественно эти строки будут показаны.
вам нужен груп бай студент_ид и хэвинг мин(е.марк) > 3

Попробуйте так:

select e.mark, course, g.name, s.name, lastname, surname, p.name, f.name from students s
left join groupa g on s.group_id = g.id
inner join exam_mark e on s.id = e.student_id
inner join peciality p on g.peciality_id = p.id
inner join facult f on p.facult_id = f.id
where e.mark >= 4
    and not exists (select 1 
                               from exam_mark e1
                             where e1.student_id = s.id
                                 and e1.mark        <> 2)