Дмитрий

скорее всего дело в uWSGI если вы о нем. Недавно был опыт, настройки его для пхп проекта. на ста потоках CPU1: Intel(R) Core(TM) i7-6700 CPU @ 3.40GHz (Cores 8)
Memory: 64157 MB + SSD

так вот на 100 потоках ab все ядра на 100%
при том что цмска кешировала все злостно. И загрузка именно по веб серверу.
php-fpm при схожей конфигурации что-то около 350 держал и проц не захлебывался.
И да статику раздавал nginx.
им писал на гитхаб, послали куда подальше ... Сказали нерепрезентативно.

Проблема шире чем кажется:
Надо понимать, что это означает - отвалился php
отвалиться он может по нескольким причинам:
1) лимиты в самом php.ini - первое из них время выполнения php скрипта
2) лимиты удержания сокета (конекта) настройки php-fpm
3) лимиты ожидания ответа от php-fpm со стороны nginx
4) все процессы заняты (умерли)

И вот когда все таймауты правильно настроенны и вас нет ооооочень долго выполняющихся скриптов - тогда все чики пуки.

Тюнить надо одновременно все эти 4 составляющие, понимаю взаимодействие.

если вы знаете что делаете то правильно будет так:
sudo umount /dev/sda1
sudo tune2fs -o journal_data_writeback /dev/sda1
sudo tune2fs -O ^has_journal /dev/sda1
sudo e2fsck -f /dev/sda1

но про трим не в курсе

найдена причина https://www.linux.org.ru/forum/admin/11994055?cid=...

у меня другой вопрос, вы не пробовали сделать больше разделов рейд 1, больше чем три. У меня при перезагрузке метит два раздела как инактив и вываливается в эмердженси мод. Победить не удалось.