Возможно, вирус попал в веб-каталог. Чтобы найти его, можно попытаться сделать следующее:
1. Скопировать все файлы из веб-каталога на обычную машину в отдельный каталог;
2. В файловом менеджере вроде FAR запустить поиск файлов в этом каталоге с содержимым по какому-нибудь фрагменту вирусного кода.
Естественно, это полумера. Нужно искать возможные причины взлома и устранять их — самостоятельно или через админов хостинга.