В любом случае на SQL-сервере придётся что-то делать — например, писать простенький скрипт, который бы по крону делал df, а его результаты бы отсылал куда-то, либо парсил и уведомлял админа при уменьшении ниже заданного предела.
Не знаю, как в squeeze, а в альтлинуксах php.ini для cli и apache2-mod_php разные. Может, в первом загрузка этого модуля не прописана (если в squeeze тоже так)?