Например, приложение для систематизации библиотеки. В бд есть коллекции - authors, genres, publishers, books и т.д. Регистрируется user_1, логинится и создает свои записи книг, авторов, жанров... И они доступны только ему. Регистрируется user_2 - и всё аналогично.
Каждому автору, книге и тд. присваиваете userId его хозяина. Потом просто достаёте нужные данные по этому айди для определённого пользователя.
Или бд одна, и там вообще всё в кучу, и связи юзеров и их коллекций делаются через Schema.Types.ObjectId
Да.