Разобрался,так как там была конфликтация типов данных (в первой таблице INTEGER а во второй varchar ) выставил в двух таблицах INTEGER и следующий скрипт заработал:
UPDATE TABLE_A
SET "VALUE" = "VALUE" + CASE
WHEN EXISTS(SELECT * FROM TABLE_B WHERE TABLE_B."VALUE" = TABLE_A."VALUE")
THEN + 1
ELSE + 2
END
