Саму систему можно поставить на флешку, либо отчекрыжить 2-3 гига от одного из жёстких дисков, если не получается поставить систему на сам массив.
Лично я рекомендую RAID5, хоть какая-то отказоустойчивость будет. И надо ещё 1-2 таких же диска докупить про запас, когда выйдет из строя какой-нибудь из рабочих.
У меня был LVM, поэтому я переехала на RAID без каких-либо проблем даже без перезагрузки системы.
