Я использовал бесплатную утилиту WinSCP, которая организует сессию по scp протоколу с Windows на Linux, тем самым не используя самбу. Но как выше уже успели заметить, шифрование может произойти до того как файл бекапа отправится на бэкап сервер, по этому лучше держать пул бэкапов, чтобы не затирать предыдущие. К примеру для 1с баз он был в месяц, и с сортировкой по месяцам (чтобы не плодить много бэкапов), а для Windows серверов был пул в неделю, то есть любой бэкап за неделю можно было восстановить
Для линухов очень хорошо проявила себя утилита rsync, ну а для Windows либо стандартная виндовая архивация, коей я думаю мало кто пользуется, Acronis, ну и Veeam видел.