При первом появлении модального окна запишите в cookie по типу:
dontShowModal=true
Для удобной записи в куки, можете воспользоваться небольшой функцией:
https://ru.stackoverflow.com/a/7489, либо подключив jquery.cookie.js
И в дальнейшем перед функцией вызова модального окна, проверяйте по типу:
if(!dontShowModal) {
код вызова модального окна
}