Для склеивания нашел SolveigMM Video Splitter. В нем есть менеджер склейки, скармливаешь 50 файлов х264, на выходе получаешь 1 файл х264.
Конвертировать удобнее всего в ffmpeg, при всей страшности мануала достаточно положить файл в корень диска, набрать ffmpeg -i c:\файл.x264 c:\файл.mkv и ждать.
