Думаю, скорее всего, вы неправильно поняли вопрос. Тут дело не в сложности фильтрации, а в постоянной передаче инстанса/идентификатора текущей организации, чтобы вьюха проектов всегда знала, по какой организации нужно фильтровать. То есть, нужно сохранить organization_id туда, где его сможет получить вьюха, причем желательно сделать это прозрачно для юзера.
То есть, выбор проекта, или организации - это на самом деле смена текущего контекста отображения. В контексте выбранной организации все ссылки ведут только на проекты для этой организации, и т.д.