Это не самый важный вопрос на стадии MVP как потом будет коробка работать.
В конце концов может быть просто начальный докер контейнер с предустановленным дефолтным паролем.
Если ориентироваться на массовые CRM для широкой аудитории, то пишут install.php (который проверяет, что еще не сконфигурирован) и дает сделать эти настройки.
Другой вариант это скрипт, который можно запустить только через консоль на сервере.
лежит выше ввв рута / проверяет что cli вызов
можно прикрутить как часть развертывания через packagist
возвращаясь к докеру - как параметр инициализации
