ISPmanager->Система-> Планировщик->создать
Там в меню "Команда" вписать
wget -o /dev/null --delete-after "site.ru/file.php"
или
php -f /var/www/user/data/www/site.ru/file.php > /dev/null
Далее выбрать "Расписание - экспертный режим" в поле Минуты
*/2