Contribution отражает вашу активность.
Чем темнее квадратик, тем больше число коммитов в этот день.
Однако активность (и цветовая градация) относительная.
Пример.- 1 день вы сделали 15 коммитов (этот день дует тёмный), остальные дни вы делали по 1 коммиту (эти дни будут светлые).
- Вы удаляете репо, который содержит все те 15 коммитов за 1 день.
- Github запускает пересчёт.
- Теперь у вас все дни по 1 коммиту, а значит и квадратики станут тёмными.