Обычно перепрошивка основной системy происходит из Recovery, сама recovery при этом загружена, работает и сама себя нe переписывает. То есть если при прошивке что-то пойдет не так, всегда можно перегрузиться в ту же Recovery и прошить заново. Однако мой опыт тут основывается исключительно на работе с девайсами HTC, у Sony-Ericsson Xperia же, например, прошивку делает программа на компе через USB — какие проблемы могут возникнуть там, не знаю. Лучше всего почитайте раздел форумов XDA Developers по вашему телефону — там наверняка найдется нужная инфа.