При разработке
сервиса nonzenon мы тоже столкнулись с такой проблемой. Несмотря на ежедневные резервные копии, мы делаем не только отдельную БД для каждой организации, но и отдельный сервер. Это тяжеловато, конечно, зато риск потерять всё и сразу сильно снижается.