Фигня все это, конфиги, остатки от установок, другие следы в реестре все равно остаются. Сто пудов у вас есть какой-то набор программ, которым вы всегда пользуетесь и еще куча программ, которые ставите ради пары запусков, а потом удаляете или просто не пользуетесь. Так вот, ставите с нуля систему и ваш повседневный набор софта. Создаете чем-нибудь образ диска для восстановления в случае чего, а разовые программы ставите в VirtualBox, например. И все, ваша система всегда будет девственно чистой.