была такая же проблема. для каждой страницы подкручивались свои js. когда начали собирать фреймворк - мне надо было собрать все скрипты так, чтобы на всех страницах одни и те же подключались. в итоге было много ошибок. Как решила? - правила js-файлы. Задачу решила. Для себя выводы - изначально шаблон делать с расчетом, чтобы все js подключались без конфликтов. Т.е. сразу это делать на этапе разработки верстки. А не потом сидеть в ужасе.