Мне удалось решить проблему явным заданием опций отображения при создании или после создания LoadingObjectManager. Например, при создании:
var loadingObjectManager = new ymaps.LoadingObjectManager('url'+'?bbox=%b',
{
geoObjectpreset: 'islands#yellowIcon'
});
После создания:
// Задаем опции для коллекции одиночных объектов (опция применится для меток).
loadingObjectManager.objects.options.set({ preset: 'islands#yellowIcon' });
См. также
https://yandex.ru/dev/jsapi-v2-1/doc/ru/v2-1/ref/r... и
https://yandex.ru/dev/jsapi-v2-1/doc/ru/v2-1/dg/co... 
