lega

Я бы наверно сделал
1) cherry-pick --no-commit во временный бранч
2) "удалил" не нужный файл, коммит
3) откатил мастер на 1, reset --hard HEAD~1
4) merge temp_branch
готово

Ещё можно попробовать удалить файл на следующем комите, а потом схлопнуть эти 2 комита через rebase

git co HEAD~1

Можно попробовать checkout c2 в новый бранч, смержить с dev, удалить dev, и переименовать новый бранч в dev.
Если dev уже был запушен то возможно появятся проблемы.