Если на портале kerberos или ntlm, то в ie сайт должен попадать в зону безопасности «Местная интрасеть». Это при стандартных настройках.
Кроме того на серверных windows включена конфигурация повышенной безопасности IE (Internet Explorer Enhanced Security Configuration), тоже нужно отключить.
rdp здесь вроде как ни при чем