lazyk

если myisam то перкона не перкона, без лока никак не получиться, правильнее бекап снимать с реплики, таки образом мы никак не нагружаем нашего мастера и не прерываем его работу

я бы сделал следущее

лочим таблицы
копируем файлами данные
из второй базы делаем реплику
разлочиваем таблицы
стартуем реплику

а потом подменяем мастера в любой удобный момент за считанные секунды