Если вопрос чисто в том как регулярно перемещать такой большой объем информации, то -
Для этого нужен протокол работающий не с файлом, а с блоками.
Как минимум - btsync
Не идеально, но уже не полностью придется пересылать.
В идеале нужен механизм завязанный на дедупликацию, например
branch-cache
А вообще по пунктам.
1) Залить на облако такой объем целиком проблематично или невозможно. Разбивать вручную это долго, и ненадежно.
2)Контейнер хранящийся в облаке смонтировать не получиться. Т.е теоретически можно, на практике такое решение работать не будет.
3)Правильно делаете, что не доверяете.
Хотя есть сервисы которые делают шифрование грамотно, например тот же
https://mega.co.nz
Там шифрование идет на стороне клиента, и облако получает уже шифрованную информацию.