Разумеется тупо вывести две таблицы без джоина это очень простая операция. Упрощенно - 2 действия. Join же на каждую запись operations ищет совпадение в таблице users. То есть это уже count(operations) операций.
Используйте индекс по полю id_user. Точнее задайте FK лучше - индекс сам создастся.