Если не менять входящий yaml - то никак.
Y/N являются ключевыми символами и согласно
спецификации интерпретируются как булевые. Если нужно получить символьное представление - заключайте их в кавычки:
var_dump(yaml_parse("foo: ['y']"));
array(1) {
["foo"]=>
array(1) {
[0]=>
string(1) "y"
}
}