Желательно снача верстать. Но если выбранная система спецефическая и генерирует уже определнный html, тогда лучше сразу на движке верстать. В своих разраьотках использую
Webasyst. Очень удобное решение для расширения. Изначально идет модуль сайта и блога, магазин можно установить потом.