Чтобы не иметь проблем от побитых файлов в случае потухшего всета или ещё каких-то, не важно, на какой ОС - сразу откажитесь от файлового режима. Поддерживу предыдущих ораторов - PostgreSQL в качестве базы в вашем случае самое то. Ну и производительность, разумеется, будет значительно выше (главное нормально настроить постгрес).