Если бы предприятию был нужен домен - они в каком-то виде наверняка реализовали его до вас. Для единой системы хранения учётных данных обычно используют LDAP. Поднимать AD/DC только ради этого - перебор.
Из вашего рассказа не ясно, используется ли линукс в качестве десктопных машин. Если да - управлять ими можно теми же способами, что и серверами - Ansible, Chef etc. Правда, не ясно, что вы в данном случае подразумеваете под "управлять" - накатывать обновления, устанавливать новые пакеты?
