У меня похожая проблема - две сетевые карты - одна на видеонаблюдение а другая на интернет , в случае перезагрузки из одной операционной системы в другую одна из карт перестает работать, в windows одна а в ubuntu другая , при выключении питания на блоке питания не надолго и при загрузке потом в любую ОС обе карты работают нормально . Решения пока не нашел но подозреваю что виновата материнская плата от GIGABYTE - GA 320M-H .