Здесь нужно провести более подробные тестирования.
В данном случае нужно посмотреть как ты подключаешься к mysql.
Ведь если мы поставим на хост mysql-server и будем подключаться через localhost (мы потеряем часть времени на поиск ip адреса), если мы укажем 127.0.0.1 то работа будет быстрее.
Тоже самое с docker. При указании mysql в качестве адреса подключения, он будет искать его ip адрес (можно попробовать указать его вручную при подключении).
---
По моим предположениям данное увеличенное время = поиск ip адреса mysql сервера.