Делал подобную логику. Один файл бота для всех (копипастить кучу не нежно), рядом с файлом бота ложил обычый json куда с админки пользователя прилетают и сохраняются личные токены ботов. В файле бота перед стартом читаю этот json и циклом прохожусь и создаю бота под каждый токен - и все) Чтобы бот перезагружался если прилетает новый токен от пользователя я на ноде через pm2 менеджер настроил наблюдение за изменением в файле.