Дмитрий Чащинов

Непонятно, какой редактор использует ТС, но в саблайме это настраивается в preference → package settings → emmet → settings-user

"preferences": {
        "bem.elementSeparator": "__",
        "bem.modifierSeparator": "_",
        "bem.shortElementPrefix": "-",
},

И еще в snippets должен быть указан bem в filters, вот так

"snippets": {
        "html" : {
            "filters" : "html, bem",
}
}

и правильно писать нужно так
.page-header>.__top-menu