Для joomla - нет. Получившийся репозиторий будет сложно (невозможно) использовать просто из за его гигантского размера. Единственный вариант - это какая-то застарелая, многолетне исправляемая в исходниках версия системы, которую просто страшно потерять. Надеюсь, это не такой случай :)
Вообще - помещать в СВОЙ репозиторий нужно только СВОИ файлы - те, которые не идут с инсталляции системы и плагинов, а добавлены вручную.
Нужно обязательно проверить, что репозиторий можно раскрутить в работоспособный проект с нуля, для этого служит композер или еще какие пакеты установки.