Насколько мне известно MySQL производительнее MongoDB на простых структурах данных. Смысл в MongoDB только в бессхемности на уровне БД, что правда не отменяет некоторое подобие схем на уровне приложения. И иногда это может работать шустрее RDBMS.
Если запись в таблицы будет происходить часто и в больших объемах или потребуется хороший механизм транзакций, то я бы посмотрел на PostgreSQL.
